El Gobierno central genera fuertes agravios comparativos con otras comunidades españolas en sus acuerdos con el Partido Nacionalista Vasco. Solo con la rebaja del llamado Cupo con efectos retroactivos y hasta 2021, las arcas de Euskadi pueden reducir su ya limitada solidaridad con el resto de España en más de 2.400 millones, con lo que, solo por este capítulo, el acuerdo cuesta unos 500 millones por cada escaño, por cada voto a favor del PNV, para que el presidente del Gobierno, Mariano Rajoy, pueda salvar sus primeros Presupuestos de la legislatura.
De esta cifra, 1.400 millones corresponden a dinero que el Estado reconoce ahora haber cobrado de más y unos 200 millones anuales es la rebaja que proyecta el acuerdo desde ahora y hasta 2021 en que venza la nueva Ley de Cupo.
Todos los presidentes autonómicos coinciden en que el Cupo vasco, lo que aporta Euskadi por los servicios que recibe del Estado, está infravalorado y hace que las comunidades forales cuenten con más recursos públicos por habitante que ninguna otra. Ángel de la Fuente, presidente del comité de expertos y nombrado por Cristóbal Montoro para calcular las balanzas fiscales, ha señalado que el Cupo vasco es la principal anomalía del sistema de financiación autonómica, al recibir, según sus cálculos, más de 4.000 euros por habitante, el doble que las comunidades de régimen común. Según De la Fuente, la metodología del cálculo del Cupo era ya, antes del actual acuerdo, «una flagrante violación del principio constitucional de igualdad». El PNV defiende por su parte que la Constitución consagra el régimen foral.
El portavoz socialista en el Senado y ex presidente de Asturias, Vicente Álvarez Areces, también ha atacado en el pasado el Cupo vasco por discriminatorio, aunque se da la paradoja de que la negativa socialista a apoyar los Presupuestos ha empujado a Rajoy a tirar la casa por la ventana con el PNV.
Otro capítulo del acuerdo es el compromiso cerrado ya con un calendario claro para la llamada Y ferroviaria vasca, que enlazará por alta velocidad todas las capitales de Euskadi. Este proyecto beneficia al conjunto del Estado teóricamente, puesto que es el enlace atlántico de alta velocidad con Francia, pero también desata agravios. Un ejemplo es que el pacto con el PNV incluye que el AVE entrará en las ciudades de Bilbao y Vitoria de forma soterrada. Adif, la empresa pública del Estado, ha venido paralizando en los últimos años múltiples peticiones autonómicas de entrada soterrada del AVE en sus capitales con el argumento de que es inviable económicamente, puesto que solo en ciudades muy pobladas puede neutralizarse el coste de tan magna obra en el subsuelo. Un ejemplo es Murcia, donde Adif consideraba ruinosa la entrada soterrada al contar con una población de solo 400.000 habitantes. Ahora se acepta en Vitoria, con 250.000.
Fuentes del PP señalan que el PNV pedía más dinero del que se le ha concedido y que, en todo caso, la aprobación presupuestaria tiene un efecto positivo general para toda la economía española en un momento de inestabilidad del euro que hace que los beneficios sean mucho mayores que los costes de alcanzar acuerdos puntuales.
El coste del acuerdo con Coalición Canaria supone un conjunto de medidas extra del Estado de 1.300 millones en tres años, según ha cuantificado el presidente canario, Fernando Clavijo. El PP ofreció también acuerdos económicos al PDeCAT de Artur Mas, pero de su cerrazón se ha aprovechado el PNV.
Otro problema de alcance es la lección que pueden extraer en muchos territorios de que resulte más rentable votar a partidos nacionalistas para recibir más mimo del Estado.