En su obra a caballo entre un manual de derecho, una revisión histórica de la Justicia en España y una crónica de la dura actualidad, el autor lanza una advertencia sobre los riesgos de la intromisión del poder ejecutivo sobre la independencia judicial. Riesgos de desprestigio de la función judicial, riesgos para la democracia y riesgos para el estado de derecho. El conflicto entre la necesaria independencia de los fiscales y el poder político, que ha sido una constante desde el siglo XIX , no ha llegado nunca a encontrar una fórmula legal para garantizar el equilibrio, así que en última instancia Marchena apela a «la cultura democrática de quienes asumen las más altas magistraturas de la nación». Más que reglamentos o reformas habría que confiar pues en el factor humano. El magistrado del Supremo elude pronunciamientos tajantes sobre conflictos político-legales o casos mediáticos bajo jurisdicción judicial pero de una manera palmearía advierte contra los intentos de adjudicar la tarea de instrucción a los fiscales, sin un refuerzo previo de los mecanismos de control que alejen la sombra de la sospecha.

Frases como : «La concepción del fiscal como un delegado del Gobierno llamado a perseguir los delitos del partido de la oposición» o «la parálisis del CGPJ que impidió el nombramiento de los cargos más relevantes de la administración de Justicia», sintetizan el pesimismo del magistrado ante el difuminado de la línea que marca la separación de poderes. «La Justicia amenazada» analiza sin apriorismos, los aforamientos, la pena del telediario, la acción popular, el jurado popular o la prisión permanente revisable y, propone soluciones, ante una coyuntura que amenaza la independencia de los jueces.